Helgenomsekvensering av M. tuberculosis-komplexet
TB-laboratoriet i Lund har efter långt samarbete med Centrum för Molekylär Diagnostik tagit helgenomsekvensering av M. tuberculosis-komplexet i klinisk drift som grund för resistensbestämning. Alla nya stammar kommer framledes parallellt att genomgå fenotypisk resistensbestämning och genotypisk resistensbestämning baserat på helgenomsekvensering. Preliminärsvar skickas ut baserat på den modalitet som kommer först, och ett sammanvägt slutsvar skickas när resultat från båda modaliteterna är kompletta.
Preliminär- och slutsvar kommer att se något annorlunda ut jämfört med tidigare.
Sekvensdata skickas samtidigt till Folkhälsomyndigheten som fortsatt besvarar epidemiologisk typning och klusteranalys till smittskyddsenheterna, men som också ger en resistensbestämning baserat på sekvensdata, vilket vi använder som second opinion.
Kunskapen om det genetiska underlaget för antibiotikaresistens hos M. tuberculosis-komplexet är redan mycket god (speciellt för förstahandspreparaten och fluorokinoloner) och snabbt växande. På sikt kommer den fenotypiska resistensbestämningen av genotypiskt känsliga stammar begränsas eller tas bort helt. Vidare justeringar är att vänta under de närmaste åren.
Under våren kommer Klinisk mikrobiologi att bjuda in till en föreläsning och diskussion om metoden för alla som är intresserade. Kontakta gärna laboratoriet vid frågor eller synpunkter.