Analysportalen:

SARS-CoV-2 (SARS-coronavirus-2) RNA-påvisning

Analysportalen:
SARS-CoV-2 (SARS-coronavirus-2) RNA-påvisning (Simplexa)

Instruktion för insändande av prover för sekvensering och typning av SARS-CoV-2

Som ett led i intensifieringen av den epidemiologiska övervakningen av olika SARS-CoV-2 varianter kommer positiva prover att sekvenseras och typas.
Sedan 18 februari utför Klinisk mikrobiologi i samarbete med CMD (Centrum för Molekylär Diagnostik) i Lund sekvensering och typning av SARS-CoV-2.
I dagsläget innebär det i första hand att vi rutinmässigt kommer att sekvensera 10 % av alla positiva fynd med tillräcklig virusmängd (Ct-värde < 30) från patient- respektive personalprovtagningen. Förutom detta så kommer vi, baserat på klinisk information, att sekvensera fynd av SARS-CoV-2 i prover från följande grupper:

• Prover där SARS-CoV-2 påvisats hos personer som rest utomlands. Skriv texten ”sekvensering, samt ange vilket land" i anamnesrutan.
• Positiva SARS-CoV-2 prover från personer med misstänkt reinfektion. Det ska ha gått minst tre månader mellan två positiva analyssvar, insjuknandedatum och symtom ska framgå ur remissen.
  Skriv texten ”sekvensering, misstänkt re-infektion, samt insjuknandedatum" i anamnesrutan.
• Misstänkta vaccinationsgenombrott, dvs positiva SARS-CoV-2 prover från personer som insjuknat mer än 21 dagar efter första vaccindosen eller efter andra vaccindosen.
  Skriv texten ”sekvensering, misstänkt vaccinationsgenombrott, vilket vaccin som givits, samt insjuknande- och vaccinationsdatum" i anamnesrutan.
• Utbrottsutredningar och smittspårningar rörande SARS-CoV-2. I dessa fall ska Vårdhygien eller Smittskydd kontaktas.

Det är därför viktigt att ni fyller i anamnesen då personen uppfyller någon av ovanstående kriterier.
Vid frågor eller önskemål gällande helgenomsekvensering av prover som hamnar under någon av ovanstående kategorier ska Klinisk mikrobiologi kontaktas:

Katrine Pesola, tel 046- 17 10 77 eller

Claus Bohn Christiansen, tel 046- 17 13 38

Information om hur du beställer provtagningsmaterial för covid-19

Löpande produktinformation gällande leveransförseningar, ersättningsprodukter och liknande

Följande provtagningsmaterial är godkänt av Laboratoriemedicin

1. Sigma VCM Duoswab från Svenska Labfab (MED-MW914PF)​, artikelnummer 27556 i Marknadsplatsen
2. Sigma VCM transportmedium
3. Sigma Virocult transportmedium
4. Copan UTM transportmedium
5. Sterilt rör med 1,5 mL koksalt (NaCl)*
6. Flockad nasofarynxpinne från Svenska Labfab (MED-MW911PF, MED-MW913PF, MED-MW814 samt MED-MW813)​
7. Flockad nasofarynxpinne från Nordic Biolabs (CP503CS01 samt CP553C)
8. Flockad nasofarynxpinne från Sun Trine (ref 905101)​​
9. Flockad svalgpinne från Svenska Labfab (MED-MV810)
10. Flockad svalgpinne Copan (artikelnummer CP519CS01)
11. Flockad svalgpinne Svenska Labfab (MED-MV810)

*Rör med utgångsdatum tom aug 2021 kan förlängas, dvs. användas ytterligare 6 mån.

Prover tagna i E-swab, Vacuette röd kork eller Beaver kan inte analyseras för SARS-CoV-2.

Dessa prover kommer att avvisas och kastas.

Covid-prover kan skickas med ordinarie transportturer, och i samma transportbox som andra prover.
Det går också bra att transportera proverna till närmaste Laboratoriemedicin Bas (tidigare Klinisk kemi) för vidare transport till Klinisk mikrobiologi.

Provet ska vara korrekt packat

• Använd i första hand transporthylsa.
• Vid brist på taransporthylsa kan du packa provet i en zip-påse eller plastpåse som du försluter väl.
• Det går också att använda ett större provrör i plats, typ "Falconrör".
  Rör med grön kork får ej plats i ett "Falconrör". 

Provet ska nå Klinisk mikrobiologi inom 24 timmar efter provtagning
Från Laboratoriemedicin Bas (tidigare Klinisk kemi) går dagligen flera transporter för covid-prover. Proverna måste lämnas dit senast 15 minuter före den transporttid som anges nedan (gäller alla dagar):

• Helsingborg mån-fre 07.00, 11.00, 16.15 lör-sön 07.00, 11.00
• Hässleholm mån-fre 10.15, 15.30 lör-sön 10.15
• Kristianstad mån-fre 07.00, 11.00, 16.15 lör-sön 07.00, 11.00
• Lund mån-fre 08.05, 11.45, 17.00 lör-sön 08.05, 11.45
• Malmö mån-fre 07.30, 11.30, 16.45 lör-sön 07.30, 11.30
• Trelleborg mån-fre 09.40, 15.05 lör-sön 09.40
• Ystad mån-fre 06.45, 10.45, 16.00 lör-sön 06.45, 10.45
• Ängelholm mån-fre 10.15, 15.30, 16.15 lör-sön 10.15
• Landskrona beställer taxi till Klinisk mikrobiologi.

Direkttransporterna gäller endast covid-19-prover som ska analyseras på Klinisk mikrobiologi i Lund.
Prover som ska analyseras på Laboratoriemedicin Bas (tidigare Klinisk kemi) transporteras enligt ordinarie rutiner.

Det kan ibland finnas behov av att transportera prover med taxi, utanför ordinarie transporttider.

Ring Provmottagningen Klinisk mikrobiologi på telefon 046-173250, knappval 2 (tillgängligt 08.00-21.00) om du planerar att skicka prov utanför ordinarie transporter/ direkttransporterna under kväll eller helg.

Kontakt och öppettider för våra laboratorier

Har du behov av fler transportboxar kontakta labmedicin@skane.se

För att hantera provtagning av personal med samhällsviktiga funktioner (prioritetsgrupp 3) inom Skåne, krävs ytterligare provtagningsmöjligheter. Därför kommer provtagning av ett första prioriterat urval av denna grupp (polis och räddningstjänst) att ske på vårdcentraler.

Observera att denna rutin skiljer sig från personalprovtagning i prioritetsgrupp 2, där provtagning sker på provtagningsenheter vid sjukhusen.

Provtagning

Provtagning sker på samma sätt som för provtagning på patienter. Prov tas från nasofarynx eller bakre svalgvägg med Beaver provtagningsset.

Analys

Analysen beställs på samma sätt som för patientprover.

Märk remissen
Märk remissen tydligt med "PERSONALPROV PRIO 3" samt arbetsgivare (polis alternativt räddningstjänst och ort) i anamnesrutan.
Datum för insjuknande skrivs i anamnesrutan.

Packning och transport

Proverna packas och transporteras på samma sätt som patientproverna.

Analysportalen

• SARS CoV-2-antikroppar (för prover som tas inom primärvården)
• SARS-CoV-2 serologi (för prover som tas på sjukhusen)

Antigenpåvisning SARS-CoV-2 (PNA) i Analysportalen

Ibland kan det ta tid innan svaret läggs upp via 1177.se. Vänd dig därför till den provtagningsenheten där du tog provet för att få svar.

Provtagningsenheter

På Smittskydd Skånes covid-19-sida finns information:

Provtagningsenheter

Börja med att ringa 39000 (kundtjänst) för att undersöka problemet.

Kontakta därefter vid behov din förvaltningsrepresentant för materialförsörjning för beställning från Region Skånes beredskapslager.

Löpande produktinformation gällande leveransförseningar, ersättningsprodukter och liknande

Om du har tagit ett prov via 1177.se så vänder du dig dit för dina frågor:

Om ditt provsvar (1177.se)

Förbered dig genom att läsa igenom all information:
SARS-CoV-2 (covid-19) Antigen snabbtest

Du ska ha fått utbildning innan du börjar utföra snabbtesterna. Kontakta labmedicin@skane.se vid behov av utbildning.
Det är tillräckligt om du deltagit vid utbildning på en av testerna. Byter ni kit så är det viktigt att ni läser igenom de tillhörande anvisningarna.

Läs under Beställ produkter och tjänster:

Beställa förbrukningsmaterial covid-19 och antigentester