Förändring i provsvar för SARS-CoV-2 RNA-påvisning

Från och med den 5 oktober kommer de positiva resultaten för SARS-CoV-2 RNA-påvisning kategoriseras.

Efter önskemål från flera av våra kunder kommer Klinisk mikrobiologi att kategorisera de positiva svaren för SARS-CoV-2 RNA-påvisning.

Påvisning av SARS-CoV-2 görs för närvarande i Region Skåne med 5 olika PCR-tekniker. Analysen har besvarats som negativ (ej påvisat) eller positiv (påvisat). Alla metoderna (utom FilmArray) är dock semi-kvantitativa vilket innebär att resultatet (Ct-värdet) visar på om det är mycket eller lite virus i provet.

Vid realtids-PCR erhålls ett tröskelcykelvärde (Ct-värde) som avspeglar viruskoncentrationen i provet. Ett lågt Ct-värde innebär en hög viruskoncentration i provet och därmed stor smittrisk, medan ett högt Ct-värde innebär en låg viruskoncentration och liten smittrisk.

Vi har jämfört Ct-värdena mellan de metoder vi använder för ett antal prover med olika mängder virus. Gränserna för de tre svarskategorierna har därefter justerats så att kategorierna ska vara jämförbara och det inte ska spela någon roll vilken metod som använts.

Med start den 5 oktober kommer vi att kategorisera de positiva resultaten som

  • Påvisat, starkt positiv
  • Påvisat
  • Påvisat, svagt positiv

Det finns ett flertal rapporter som pekar på att ett starkt positivt resultat (lågt Ct-värde) talar för hög smittsamhet. Det har egentligen bara varit möjligt att isolera virus från prover som varit positiva eller starkt positiva. Från prover med svag positiv reaktivitet har det bara i enstaka fall kunnat isoleras virus, vilket har tolkats som ett tecken på låg eller ingen smittsamhet.

Prover med starkt positiva resultat finns det knappast några felkällor för. Prover med svagt positiva resultat måste alltid tolkas försiktigt i förhållande till klinik och provtagning. Svagt positiv reaktivitet kan ses sent i sjukdomsförloppet, vid låga nivåer av virus i luftvägarna men kan också vara ett resultat av felaktigt taget prov.

I första steget gäller kategoriseringen av svaren för de analyser som utförs på Klinisk mikrobiologi. Svaren på de prover som utförs på Simplexa, vid Laboratoriemedicin bas, kommer också att kategoriseras men då dessa analyser besvaras i andra labdatasystem kommer denna ändring att dröja något.